Kontrola kvalitete u Službi se provodi svaki dan analizom i obradom kontrolnih uzoraka i ostalih postupaka koji su opisani u Priručniku o kontroli kvalitete (2005 godina).Postoji kontinuirani zapis o rezultatima kontrola.
učeni smo i u nacionalni program kontrole kvalitete koji organizira i provodi HDMBLM – Hrvatsko društvo za medicinskiu biokemiju i laboratorijsku medicinu - vanjska procjena kakvoće rada, CROQALM program . Program obuhvaća opću laboratorijsku hematologiju i koagulaciju, opću i dio specijalističke medicinske biokemije, plinova u krvi, kompletne analize urina (2-3 ciklusa godisnje).
Vanjsku neovisnu procjenu kvalitete analitičkog rada provodi se i Riqas kontrolom u 12 ciklusa godišnje.Svake se godine vrši umjeravanje centrifuga i hladnjaka od strane ovlaštenog servisa. Na taj se način provodi certificiranje laboratorija što doprinosi optimizaciji svih laboratorijski procesa.